بررسی اثر تعداد qtlو تراکم نشانگری بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از روش بیزی
thesis
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی
- author راضیه شعبان
- adviser محمود هنرور احمد آیت اللهی مهرجردی علی اسماعیلی زاده کشکوئیه
- Number of pages: First 15 pages
- publication year 1392
abstract
در روش های ارزیابی و انتخاب حیوانات بر اساس اطلاعات فنوتیپی، نیاز اساسی در برآورد صحیح ارزش های اصلاحی وجود رکوردهای دقیق از صفات مورد نظر است. با گسترش ژنتیک مولکولی، امکان استفاده از اطلاعات در سطح dna و نشانگرهای ژنتیکی جهت برآورد صحیح تر ارزش-های اصلاحی و بهبود ژنتیکی سریعتر دام ها فراهم شده است. در این مطالعه جهت برآورد صحت ارزش های اصلاحی واقعی و برآورد شده از دو روش استنباط بیزی لاسو و ریج استفاده شد. ژنومی باطول 20 مورگان و تعداد10 کروموزوم با طول یکسان 2 مورگان شبیه سازی شد. به منظور ایجاد تراکم نشانگری cm4 تا cm066/0، به ترتیب تعداد 50- 3000 نشانگرsnp در فواصل مساوی بر روی هر کرموزوم قرار گرفت و تعداد 5، 10، 15 و 20 qtlو وراثت پذیری 05/0-5/0به عنوان فرضیات شبیه سازی صفات در نظر گرفته شدند. ارزش های اصلاحی برآورد شده توسط لاسو و ریج در تمامی صفات شبیه سازی شده، همبستگی بسیار بالایی با ارزش های اصلاحی واقعی نشان دادند. برآورد ارزش های اصلاحی توسط دو روش نشان داد که هر دو روش عملکرد مشابه ای دارند. حساسیت ریج نسبت به تغییر تعداد ژن عمده اثر و نشانگر بالا بود. در کل افزایش تراکم نشانگری و وراثت پذیری صفات باعث افزایش صحت ارزیابی ها شد. همچنین این افزایش در صحت ارزیابی ها، در افزایش ژن های عمده اثر نیز دیده شد.
similar resources
مطالعۀ اثر افزایش شمار نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از روشrrBLUP
انتخاب ژنومی، روشی برای پیشبینی ارزشهای اصلاحی، با استفاده از شمار زیادی نشانگر است. هزینۀ فراوان ژنوتیپ‌کردن تعداد زیادی حیوان برای تعداد زیادی نشانگر، کاربرد گستردۀ انتخاب ژنومی را محدود می‌کند. هدف این مطالعه، بررسی اثر استفاده از تراکم کم تا متوسط نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از مدل rrBLUP بود. صفات با وراثت‌پذیری 10، 20 و 40 درصد شبیه‌سازی شد. ژنوم شبیه‌سازی‌شده دارای25 جفت ک...
full textصحت روشهای مختلف بیزی در ارزیابی ژنومی صفات آستانه‌ای با معماری ژنتیکی متفاوت
چکیده سابقه و هدف: انتخاب ژنومی که نوعی انتخاب به کمک نشانگرهای ژنتیکی می‌باشد، اثر همه نشانگرهای ژنتیکی پراکنده در سرتاسر ژنوم را به‌طور هم‌زمان برآورد می‌کند. درنتیجه انتخاب ژنومی به‌طور بالقوه توانایی توجیه همه واریانس ژنتیکی صفت را دارد. اساس کار در انتخاب ژنومی عدم تعادل پیوستگی بین نشانگر و جایگاه صفات کمی می‌باشد. با توجه به کمتر مورد توجه قرار گرفتن ارزیابی ژنومی صفات دارای توزیع فنوتیپ...
full textمطالعۀ اثر افزایش شمار نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از روشrrblup
انتخاب ژنومی، روشی برای پیش بینی ارزش های اصلاحی، با استفاده از شمار زیادی نشانگر است. هزینۀ فراوان ژنوتیپ کردن تعداد زیادی حیوان برای تعداد زیادی نشانگر، کاربرد گستردۀ انتخاب ژنومی را محدود می کند. هدف این مطالعه، بررسی اثر استفاده از تراکم کم تا متوسط نشانگرها بر صحت ارزیابی ژنومی با استفاده از مدل rrblup بود. صفات با وراثت پذیری 10، 20 و 40 درصد شبیه سازی شد. ژنوم شبیه سازی شده دارای25 جفت ک...
full textتأثیر کاهش تراکم نشانگرها بر صحت پیشبینی ژنومی روشهای پارامتری
افزایش تعداد نشانگرها (p) به تعداد مشاهدات (n)، نخستین چالش انتخاب ژنومی است (مزاحمت ابعاد؛ p >> n). لذا پژوهش حاضر با هدف امکان کاهش مزاحمت ابعاد، به بررسی تأثیر کاهش تعداد نشانگرها بر صحت پیشبینی ارزشهای اصلاحی ژنومیک روشهای پ...
full textارزیابی عملکرد روشهایBoosting و بیز A در چالش‌های مختلف معماری ژنومی صفات گسسته و پیوسته
سابقه و هدف: گزینش ژنومی چالشی امید بخش برای کشف رموز ژنتیکی صفات کمی و کیفی به منظور بهبود رشد ژنتیکی و صحت پیش بینی ژنومی در اصلاح دام می‌باشد .در این پژوهش، عملکرد روشهای Boosting و بیز A در برآورد ارزشهای اصلاحی ژنومی صفات آستانه‌ای دودویی و پیوسته در تراکم مختلف نشانگری با استفاده از معماری‌های مختلف ژنومی مورد بررسی قرار گرفت. مواد و روش‌ها: داده‌های ژنومی از طریق نرم افزار QMSim با ...
full textارزیابی ژنومی صفات آستانه ای با معماری های ژنتیکی متفاوت با استفاده از روشهای بیزی
The current study was carried out to evaluate accuracy of some Bayesian methods for genomic breeding values prediction for threshold traits with different types of genetic architecture based on distribution of gene effect and QTL numbers. A genome consisted of 3 chromosomes of 100 CM with 2000 single nucleotide polymorphisms (SNP) was simulated. The QTL numbers were 0.01, 0.05 and 0.1 of total ...
full textMy Resources
document type: thesis
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی
Keywords
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023